การใช้งานระบบปฏิบัติการลีนุกซ์ผู้ดูแลระบบ สามารถสั่งงานได้ 2 วิธี คือ
1. การสั่งงานผ่านทาง Terminal วิธีนี้ผู้ใช้งานต้องมีการสั่งงานผ่านทางการพิมพ์คำสั่งต่างๆ ลงไปทางแป้นพิมพ์โดยการพิมพ์คำสั่งต่างๆ ลงไป (หรือสามารถเข้าควบคุมผ่านทางโปรแกรม Remote Access เช่น PuTTY)
2. การสั่งงานผ่านทางหน้าต่าง X Windows (บนระบบวิโดวส์เรียกว่า Desktop) โดยหน้าต่าง X Windows ของระบบลีนุกซ์มีให้เลือกใช้งานหลายค่ายด้วยกัน อาทิ GNOME, KDE หรือ X Windows ตัวอื่นๆ
